交通银行是一家股份制的商业银行，按常规其领导人应是董事长和总经理，但交行成立之初，由于商股筹集有一个过程，迟至两年后才召开第一次股东大会。这次股东大会，仅选举董事两人，未成立董事会。董事的职责类似稽核，只是审查各行帐目而已，因此没有董事长，也没有委派总经理。最初的领导人是由最大股东邮传部选派的，称为总理和协理，专管总分行事务，他们均听邮传部堂官命令。邮传部另派管理铁路人员为帮理，其目的是沟通银行与铁路之间的联系，“使款目相互关顾，不至于有所牵制”。

按照奏定章程规定，交行的总理、协理必须有专门的财政学识，出洋考察过财政学，或者曾在银行充当职员及曾办银号著有成效者。

交行第一任总经理李经楚，安徽合肥人，李鸿章的胞侄，义善源票号的总司理，曾任邮传部右参议和四川建昌道。邮传部在奏请设立交行时，即奏派李经楚为总理，认为李精明干练，长于理财，于银行事宜讲求有素，经验尤深，可以担当此任。

李经楚在交行任总理期间，作为创办人，主要做了以下几件事：一是筹款赎回京汉铁路，完成了交通银行成立初期的使命。二是收回电报局商股，使电报局成为邮传部经办的国有企业。三是设置分支机构，扩充股本，发行股票。四是经营一般银行业务。

后来在1910年橡皮股票风潮中，受源丰润银号倒闭影响，由李经楚与人合伙开设的义善源票号也周转不灵，赖交行的支持而勉强维持。这时，盛宣怀任邮传部尚书，借机撤去了梁士诒铁路总局局长和交通银行帮理职务，还迫使交行收回义善源的欠款。义善源于1911年春倒闭，其分支号积欠交行9个分行的放款总额达到白银280余万两，虽经处理押品和财产后，归还了交行一部分欠款，但交行仍遭受重大损失，李经楚被“开去交通银行总理”。